Samostatné urologické oddělení vzniklo 1. ledna 1988 pod vedením primáře MUDr. Jaroslava Webera, který oddělení vedl dva roky. Původně pracoval od roku 1962 jako ordinář pro urologii. Za svého působení zavedl nové léčebné metody, například peritoneální dialýzu, resekci ledvin, plastiku pánviček ledvinných, vesikulografii, testikulární excochleaci aj. Jeho nástupcem se v roce 1989 stal MUDr. Antonín Karásek, který vedl oddělení až do roku 2005, kdy se stal ředitelem nemocnice. V době svého působení na oddělení zavedl endoskopickou operativu a učinil z ní standardní nástroj urologické léčby, radikální cystektomie, derivační operace a jiné. 

Od roku 2005 do listopadu 2017 vedl urologické oddělení MUDr. David Ondra. Došlo k zavedení laparoskopické operativy, radiální prostatektomie a rozvoji endoskopických metod včetně laserové chirurgie a rovněž významnému doplnění přístrojového vybavení. V roce 2014 se urologické oddělení přestěhovalo v měsíci říjnu do budovy Centrálního objektu chirurgických oborů. Od 1. prosince 2017 je primářem MUDr. Marek Heča.