II. interní oddělení bylo zřízeno v roce 1959 a jeho prvním primářem byl jmenován MUDr. B. Raštica. Jeho významnou součástí bylo přijímací oddělení. Při tlaku na poměrně malý počet lůžek obou oddělení byla činnost II. Interny náročná, neboť příjem pacientů musel řídit zkušený erudovaný internista. Na přijímacím oddělení se provádělo i mnoho komplexních vyšetření a zaváděly se nové vyšetřovací metody jako gastroskopie nebo fibroskopie. Zde se také odbývala dispenzární péče o nemocné obliterujícími cévními procesy a nemocné s chronickou reální insuficiencí. Lůžková část byla úzce spojena s činností přijímacího oddělení a výsledky díky iniciativnímu rozvoji vyšetřovacích metod byly velmi uspokojivé. Už brzy po vzniku II. Interny získalo oddělení Vim-Silvermannovou jelu pro jaterní biopsie a tato metoda ve spolupráci s primářem tehdejšího patologicko anatomického oddělení MUDr. Šimonem Vagundou podstatně zlepšila diagnostiku jaterních onemocnění.

Od roku 1964, po vybavení oddělení laparoskopem, se opět zdokonalily možnosti stanovení diagnóz jater, žlučových cest, popřípadě jiných onemocnění dutiny břišní. Bylo možné provádět clenou bioskopii pod kontrolou zraku. Od roku 1971, kdy oddělení získalo přístroj se studeným světlem, se zvýšila úroveň vyšetřovacích metod a bylo možné současně provádět fotodokumentaci. Pomocí laparoskopu byly prováděny cíleně také punkce sleziny.

Na oddělení byla zavedena gastroskopie jako nová endoskopická metoda, která měla zlepšit diagnostické možnosti, zejména po krvácení do žaludku, kdy RTG nálezy byly negativní. Vyšetření přinášela překvapivě dobré výsledky. Vyšetřovací metody se znovu zlepšily získáním flexibilního gastroskopu a gastrofibroskopu. Od roku 1966 se pro zlepšení diagnostiky ledvinových onemocnění provádělo bioptické vyšetření ledvin u případů indikovaných pro toto vyšetření.

Po MUDr. Rašticovi se primářem oddělení na krátkou dobu stal MUDr. J. Trčka. Od roku 1989 až do roku 1999 byl primářem oddělení MUDr. Eduard Pavlík. Po jeho odchodu do důchodu pak MUDr. Stránský. V roce 2007 došlo ke spojení I. a II. Interny a primářem tohoto oddělení, umístěném v pavilonu č. 11, se stal MUDr. Stanislav Zemek. Od roku 2011 byl vedením oddělení pověřen MUDr. Marek Richter. Současným primářem Interny II. je MUDr. Václav Stránský.